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El Congreso acordó suprimir esa institución.
En la sesión del 12 octubre de 1816, el Soberano Congreso leyó varios pliegos, tanto del Director Supremo como del Gobierno de Córdoba, así como el acuse de recibo de disposiciones anteriores. Se deploró que no existiera respuesta sobre “el Consejo de Guerra mandado formar a los brigadieres José Rondeau y Martín Rodríguez sobre sus operaciones”. Suponiendo no haberse recibido la orden, se acordó por unanimidad reiterarla, “encargando su cumplimiento al Director Supremo”.
A moción del presidente Felipe Antonio de Iriarte, se renovó la discusión sobre el recurso de los superiores de San Francisco y La Merced, quienes objetaban los términos en que había instituido el cargo de “comisario de regulares”, la pasada Asamblea de 1813. Se había nombrado una comisión encargada de considerar el asunto, y su dictamen, leído inicialmente en la sesión del 10, se dispuso leer nuevamente.
Expresa la crónica de “El Redactor” que, luego de escuchadas las reflexiones y argumentos, se formuló la moción de “si ha de suprimirse o no la Comisaría de Regulares establecida por la Asamblea anterior”. Por 29 votos, se sancionó la supresión.
En la sesión del 9, se habían expuesto “los inconvenientes de la Comisaría General de Regulares”, así como “la incertidumbre de la legitimidad de su establecimiento”, la “probable nulidad de los actos ejercidos por ella”, y “finalmente, los daños y males gravísimos que, tanto en lo espiritual como en el orden económico de los claustros, había inducido y podía inducir en lo sucesivo, si no se proveía de remedio oportuno”.